Отключаем History
По умолчанию IDE сохраняет историю изменения в проекте в каталоге «_history» рядом с главным файлом проекта.
При использовании системы контроля версий эта история лишняя отключим её через настройки:
Tools -> Options -> Editor Options -> Create backup files
Непроизвольные изменения в файле dproj
Читать далее Настройка Delphi для работы с системой контроля версий